Kaplica na Górze Jana stoi trochę na uboczu, jakby celowo nie chciała się narzucać. A jednak to jedno z tych miejsc, które najlepiej tłumaczą lokalną historię. Na początku XIX wieku droga do kościoła w Kielcach była dla wielu zwyczajnie zbyt daleka. W 1816 roku ta potrzeba zamieniła się w decyzję, a decyzja w mury.
Impuls nabrał realnych kształtów, gdy ówczesny wójt Mikołaj Żak doprowadził do budowy. Użyto czerwonego i białego piaskowca, a naroża oraz ościeża wykonano z cegły ceramicznej. Do dziś o zakończeniu prac przypomina wmurowana w ścianę płyta fundacyjna z datą 1816.
Dalsze losy kaplicy to opowieść o tym, jak budynek potrafi przetrwać tylko wtedy, gdy ktoś naprawdę czuje, że jest „jego”. W okresie zaborów obiekt podupadał, a sytuację pogorszyło odebranie praw do terenu potomkom Mikołaja Żaka. Mimo to mieszkańcy Kostomłotów nie pozwolili, by kaplica zniknęła — podtrzymywali ją drobnymi datkami i doraźnymi naprawami. Z przekazów wynika, że w XIX wieku mogła też służyć jako miejsce ukrycia — czasy były takie, że dyskretne schronienie mogło ważyć więcej niż gruby mur.
Po I wojnie światowej, obok kaplicy św. Barbary, była jednym z głównych miejsc modlitwy okolicznych mieszkańców. W latach 30. opiekę nad nią przejęła pobliska straż pożarna, a sam budynek nadal pełnił rolę zastępczego „kościółka”. 17 grudnia 1939 roku przedstawiono tu mieszkańcom pierwszego proboszcza nowo utworzonej parafii — ks. Janusza Przyłęckiego. W czasie wojny kaplica bywała wykorzystywana jako schronienie, a w sierpniu 1944 roku stała się miejscem szczególnym: odprawiono tu uroczyste nabożeństwo dla zmobilizowanych oddziałów, które miały ruszyć na pomoc walczącej stolicy.
Po wojnie, gdy w Kostomłotach powstał nowy kościół, kaplica na jakiś czas zeszła na dalszy plan. Rzadziej odwiedzana, znowu zaczęła niszczeć — do tego stopnia, że w latach 50. planowano jej rozbiórkę. Zatrzymał ją sprzeciw konserwatora i kolejne zaangażowanie mieszkańców, dzięki którym obiekt wyremontowano. Gruntowny remont przeprowadzony w 2007 roku przywrócił jej charakter — a podczas prac odkryto relikwie, o których przypominają tablice w środku. Dziś latem znów odbywają się tu nabożeństwa.
