Kilkaset metrów na zachód od kaplicy Przemienienia Pańskiego, przy dawnej drodze gruntowej, znajduje się nieczynny kamieniołom „Mogiłki”. To pozostałość eksploatacji skał wapiennych prowadzonej do końca XX wieku we wnętrzu Góry Jana, zwanej Kolejówką. Wydobywany tu wapień wykorzystywano głównie jako kruszywo przy budowie dróg i linii kolejowych.
Dziś dawne wyrobisko stanowi cenny obiekt przyrodniczy i geologiczny. Od kilkunastu lat podejmowane są starania o objęcie tego terenu ochroną rezerwatową. Nazwa „Mogiłki” ma niejednoznaczne pochodzenie. Bywa łączona z pobliską kaplicą i domniemanym cmentarzem epidemicznym, jednak najbardziej prawdopodobna interpretacja odnosi się do dawnych, zasypanych szybów górniczych, w których natrafiono na szczątki średniowiecznych górników.
Eksploatacja odsłoniła tu wyjątkowy układ skał należących do tzw. synkliny miedzianogórskiej. W obrębie kamieniołomu występują wapienie, dolomity i margle dewonu górnego. Najlepszy widok na ich budowę uzyskuje się, stojąc na dnie wyrobiska i patrząc w kierunku wschodnim. Szczególnie charakterystyczna jest ciemna, wyraźna linia o grubości około 20 cm, oddzielająca warstwy szydłóweckie od kostomłockich, powstałe w odmiennych warunkach sedymentacyjnych.
Południowa część kamieniołomu odsłania starsze formacje skał, związane z przełomem dewonu środkowego i górnego, natomiast w części środkowej i północnej widoczne są młodsze warstwy kostomłockie. Świadczą one o zmiennych warunkach panujących niegdyś w płytkim morzu: od spokojnej sedymentacji po gwałtowne sztormy, podwodne osuwiska i trzęsienia ziemi. Miejsce to pozwala również obserwować formy krasowe, silne sfałdowania, uskoki oraz pozostałości leja krasowego wypełnionego czerwoną zwietrzeliną.
W kamieniołomie dokumentowano także zjawiska rzadkie w skali Gór Świętokrzyskich, m.in. niezgodność stratygraficzną, gdzie skały triasu zalegają bezpośrednio na utworach dewonu. W przeszłości odkryto tu również niewielką jaskinię krasową, zniszczoną podczas dalszej eksploatacji. Kolekcjonerzy minerałów mogą natrafić na kalcyt, dolomit, baryt, piryt oraz inne minerały związane z dawną działalnością górniczą regionu.
Ze wzniesienia nad wyrobiskiem rozciąga się szeroki widok na południową część gminy Miedziana Góra, co czyni „Mogiłki” nie tylko interesującym stanowiskiem naukowym, lecz także atrakcyjnym punktem krajobrazowym.
